兒童保健部下設兒童生長發育科、兒童營養與喂養科、身高促進、兒童心理衛生科、新生兒疾病篩查中心、兒童聽力篩查中心、兒童眼保健科、兒童口腔保健科、兒童康復科、兒科和新生兒科。

主要開展兒童健康體檢、嬰幼兒科學喂養指導、嬰幼兒生長發育評估與監測、嬰幼兒營養評估與指導、兒童心理發育評估與咨詢、兒童身高促進門診、兒童早期發展門診（小兒腦癱早期篩查.高危兒管理等）、兒童骨密度檢測、兒童聽力保健、眼保健門診（視力檢查、屈光篩查、弱視、斜視、近視等防治）、兒童口腔保健、兒童康復訓練（言語、認知、感統、手工、理療等）、托幼機構兒童衛生保健工作管理等相關工作，為全市兒童提供全面、系統、連續的醫療保健服務。